SMK Jaya Negara mengikuti Cerdas Cermat Islami Tingkat SLTA Se-Kota Ambon yang diselenggarakan oleh IAIN Ambon dan memperoleh juara III Ma’had Al-Jami’ah. Selain berprestasi dalam belajar Teknik Komputer dan Jaringan, para siswa tetap diarahkan untuk mendalami iman dan ketakwaannya terhadap ASW.